חותם מפוצל יש איטום טוב. העיצוב של החותם המפוצל מאפשר לרכיבים השונים להשתלב בחוזקה זה בזה ליצירת שטח סגור יחסית. בדרך כלל משתמשים בחומרי איטום כמו חומרי איטום ורצועות איטום במפרקים, שיכולים למנוע ביעילות את ריח האשפה ואת דליפת הביוב. בנוסף, ניתן להבטיח גם את החותם המפוצל בפעולה בפועל. לאחר כניסת האשפה לתחנה, היא תסגור בחלל ספציפי, ונמנעת מפיזור ריח האשפה בסביבה שמסביב. במקביל, ניתן למנוע את הביוב העשוי להיווצר להדלף ולזהם את הסביבה באמצעות מערכת איסוף וטיפול מיוחדת.
